Έχει υιοθετήσει Σύστημα Διαχείρισης Ποιότητας, σύμφωνα με το διεθνές πρότυπο ISO 9001:2000 συμπεριλαμβανομένων των απαιτήσεων HACCP. Όπως καθορίζονται από το πρότυπο ΕΛΟΤ 1416 και έχει πιστοποιηθεί από τον Οργανισμό Πιστοποίησης TUV Austria.
Με την εφαρμογή του Συστήματος Ελέγχου Κρίσιμων Σημείων (Hazard Analysis Critical Control Point) που έχει υιοθετήσει η εταιρεία από το 2001, ελέγχονται όλα τα κρίσιμα σημεία της διαδικασίας, δηλαδή κατά την παραλαβή πρώτης ύλης, την επεξεργασία του προϊόντος και την αποθήκευση. Στο εργαστήριο ελέγχου ποιότητας με μηχανήματα τελευταίας τεχνολογίας, ελέγχονται τόσο οι πρώτες ύλες όσο και τα τελικά προϊόντα με στόχο τη διατήρηση της σταθερής ποιότητας και ασφάλειας των παραγόμενων προϊόντων της Ιωάννου Α.Ε.
